慈雲寺は、諏訪大社下社の大祝（神職のひとつ）・金刺満貞が鎌倉の建長寺の僧侶・一山一寧を招聘して1300年に創建され、創建以降、鎌倉や京都の有名寺院の高僧が住職として招かれた。戦国時代には甲斐国「桂林寺」から天桂玄長禅師が招かれた縁で、甲斐の武将・武田信玄が境内を整備した。そのため寺紋は武田菱が用いられ、現在でも境内の各所で見ることができる。

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