養老5年（721年）創建と伝わる。高僧・行基が草津に立ち寄った時に、病人のために祈祷したところ温泉が湧き出て、優れた泉質を持つ温泉を守るため薬師堂を建立したといわれる。その後廃れたが、正治2年（1200年）に再建された。有馬温泉の「温泉寺」、山中温泉の「医王寺」とともに、日本三大温泉薬師のひとつとして全国から参拝者が訪れる。

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