垣ノ島遺跡は、世界遺産「北海道・北東北の縄文遺跡群」を構成する17の遺跡の1つで、およそ9000万年前から3000年前の遺跡である。縄文時代の始期と終期については諸説があるが約15000年前に始まり約1万年続いたというのが通説で、土器や弓矢を使用し定住化が進み集落を形成するようになったのが縄文時代の特徴である。垣ノ島遺跡は垣ノ島川の左岸と右岸でそれぞれA遺跡とB遺跡とに分かれている。2000年から始まった発掘調査によって、A遺跡からは大型竪穴住居が発掘され、早期の土坑墓からは子供の足形が付けられた土版が出土した。また、B遺跡の縄文時代早期の土坑墓からは9000年前の漆副葬品が出土した。

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